Запуск GNU R в Linux

1. Введение

GNU R можно запустить в Linux несколькими способами. В данной статье мы опишем запуск R из командной строки, как оконного приложения, в пакетном режиме и из скрипта оболочки. Вы увидите, какие опции требуются для запуска R в linux при выполнении различных задач. Некоторые из них больше подходят для простого статистического анализа, который можно осуществить с помощью одной строки кода, другие - для более сложных задач, которые требуют выполнения большого числа выражений R. В конце концов нам может потребоваться программа, которая будет работать на кластере linux в течение суток или двух. В этом случае мы будем запускать R в фоновом режиме, что позволяет нам выйти из кластера.

2. Запуск R в Linux из командной строки

Вероятно самым простым способом запуска R в Linux является командная строка:

$ R

В результате получим следующий вывод:

R version 2.15.1 (2012-06-22) -- "Roasted Marshmallows"
Copyright (C) 2012 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> 

Здесь показывается версия R, установленная в системе, а также описываются несколько команд, которые созданы для помощи пользователю. Мы не будем останавливаться подробно на этих командах помощи, так как будем иметь с ними дело в следующих статьях. На данный момент мы хотели бы только отметить, что для выхода из R необходимо просто ввести:

> q()

При этом вы увидите запрос на сохранение образа рабочего пространства:

Save workspace image? [y/n/c]:

Такой способ запуска R подходит для выполнения коротких статистических расчетов, не требующих выполнения большого количества команд.

3. Запуск R в окне приложения

Окно приложения для R под Linux похоже на графический интерфейс пользователя, используемый для других платформ. Введите:

$ R -g Tk &

чтобы запустить R в окне приложения. На рисунке ниже показано такое окно под Linux.

Меню окна приложения tk-R предоставляет несколько дополнительных опций. Это установка и загрузка пакетов и исходного кода из файлов. Также здесь есть несколько демонстрационных примеров и доступ к системе помощи. В целом то, что мы видим на рисунке выше - это консоль R. Окно приложения не имеет панели инструментов, однако консоль R позволяет вам вводить выражения (команды), которые интерпретируются системой R, и ответ выводится на экране. Окно приложения похоже на запуск R в командной строке Linux. Как и ранее, у нас не получится автоматизировать процесс ввода большого количества команд.

4. Запуск R в Linux в пакетном режиме

Запуская R в пакетном режиме, мы можем исполнять большие наборы команд и сохранять результат в файл. Давайте создадим нашу первую функцию в R и сохраним ее в файл с названием r-example-function-1.R. Эта функция загружает некоторые данные из файла, применяет к ним экспоненциальную функцию, и сохраняет вывод в соответствующий файл.

Сначала создадим файл r-example-function-1.R, содержащий следующий код:

Скачайте файл gnu-r-example.csv в вашу рабочую директорию.

Теперь вы можете запустить на выполнение команды, включенные в файл r-example-function-1.R, в пакетном режиме:

$ R CMD BATCH r-example-function-1.R

При этом будет создан файл под именем r-example-function-1.Rout и файл output_gnu-r-example.csv, созданный функцией r_example_function_1(), определенной в файле r-example-function-1.R.

Чтобы получить дополнительную информацию о запуске R из командной строки Linux, введите:

$ R --help

5. Запуск R из скрипта bash

Для запуска R из скрипта оболочки необходимо включить в скрипт функции R и их вызовы. Например, создадим файл r-bash-example.sh:

Теперь сделаем его исполняемым:

$ chmod +x r-bash-example.sh

и запустим на выполнение:

$ ./ r-bash-example.sh

Обратите внимание, что при необходимости скрипт можно запускать в фоновом режиме:

$ nohup ./r-bash-example.sh &

В результате работы скрипта будет создан файл nohup.out.

6. Заключение

В этой статье мы лишь поверхностно рассмотрели возможные варианты запуска R. Кроме этого, например, R может быть интегрирован в другие языки программирования, такие как Java. Более того, программы на R можно интегрировать и в веб-приложения.